ffmpeg -i fichier_a_convertir -vcodec libx264 output.mp4

Pour conserver les soustitres :
-c copy -c:s mov_text

https://askubuntu.com/questions/214199/how-do-i-add-and-or-keep-subtitles-when-converting-video/214351
https://superuser.com/questions/932730/ffmpeg-mkv-to-mp4-conversion-loses-subtitles/932825

copie du paste de seb : """
(Je me note ça ici pour pouvoir le retrouver): Pour convertir une vidéo de n'importe quel format dans un format accepté par le lecteur vidéo standard d'Android, voici la ligne de commande ffmpeg:

./ffmpeg -i video.mp4 -c:v libx264 -b:v 1200k -acodec aac -strict -2 -ar 44100 -ac 2 -b:a 128k -movflags faststart output.mp4

Si la vidéo est d'une résolution supérieure à l'écran de votre smartphone, vous pouvez redimensionner pour gagner de la place en ajoutant: -vf scale=-1:540 (si votre écran est en 540x960).

./ffmpeg -i video.mp4 -vf scale=-1:540 -c:v libx264 -b:v 1200k -acodec aac -strict -2 -ar 44100 -ac 2 -b:a 128k -movflags faststart output.mp4

Vous pouvez bien entendu varier le bitrate (-b:v 1200k):
- diminuez la valeur pour obtenir un fichier plus petit.
- augmentez pour obtenir une vidéo de meilleure qualité.

Si vous avez une version d'Android un peu ancienne (souvent < 4.x), vous aurez sans doute besoin d'ajouter: -profile:v baseline

./ffmpeg -i video.mp4 -c:v libx264 -profile:v baseline -b:v 1200k -acodec aac -strict -2 -ar 44100 -ac 2 -b:a 128k -movflags faststart output.mp4

Voilà... c'est surtout utile pour gagner de la place ou lire des vidéos d'un format qu'Android n'arrive pas à lire. (Si vous voulez visionner les vidéos sans les convertir/redimensionner, vous pouvez utiliser VLC qui sait lire presque n'importe quoi.)
"""

How do I extract my favorite loli shout?
   If you are running Linux, it's quite easy. Just use the following command: ffmpeg -i My-great-anime.avi -vn -ss 14:22.4 -t 00:00:03.230 -aq 7 -ac 2 -acodec libvorbis -y out.ogg and that's all. -ss and -t are timestamps following the hh:mm:ss.ms format.
   You can use whichever method you like (or can use) as soon as you ouput an Ogg/Vorbis file.
   Note: if the video has multiple audio streams and the japanese one isn't selected, what you're searching for is certainly the -map option.
How do I extract my favorite loli pic?
   On Linux – yeah, again – it's quite easy. You can use: ffmpeg -i My-great-anime.avi -ss 1094.1 -r 1 -f image2 My-great-anime.png
How do I convert my loli pic to the right resolution?
   Linux answer, use ImageMagick: mogrify -resize 300x200 My-great-anime.png