En téléchargeant des videos sur youtube avec youtube-dl, je me suis retrouvé avec plusieurs fichier .webm, un pour l'audio et un autre pour la video... Il fallait donc les fusionner mettre dans un même conteneur (mkv). voila commen faire avec ffmpeg :

Merging audio and video using ffmpeg

Once you have downloaded both video and audio files (‘videoplayback.mp4’ and ‘videoplayback.m4a’ respectively), here’s how you can merge them into a single file:

   1. Download and install ffmpeg.

   2. Open a Command Prompt window in your downloads folder and run the following command
      **  In case of MP4 format (all, except 1440p 60fps & 2160p 60fps):

            ffmpeg -i videoplayback.mp4 -i videoplayback.m4a -c:v copy -c:a copy output.mp4

       ** In case of WebM format (1440p 60fps and 2160p 60fps):

           ffmpeg -i videoplayback.webm -i videoplayback.m4a -c:v copy -c:a copy output.mkv

   Wait until ffmpeg finishes merging audio and video into a single file named "output.mp4".

notamment :
ffmpeg -i fichier_source.flv sortie_audio.mp3

Pour encoder en mp3 avec Audacity par exemple